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高內涵——更快更高的斑馬魚成像與分析方案

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斑馬魚是一種廣泛使用于科研與藥物研發的模型系統,由于其與人類疾病表型的相似性而廣受歡迎。許多基于成像的實驗可用來測定斑馬魚的表型變化,但是圖像的手動采集和分析非常繁瑣且耗時。這些過程的自動化會大大提高通量及數據質量。在這里,我們展示了Operetta CLS?和Opera Phenix?如何進行高通量的斑馬魚的成像和表型分析、篩選,使您能夠專注于數據評估而不是數據生成。

自動檢測高分辨率圖像-輕松鎖定斑馬魚

用普通顯微鏡對96孔板中的斑馬魚進行定位與成像非常耗時的。Harmony? 高含量分析軟件融合了PreciScan?智能圖像采集工具,集成低倍率預掃描工作流程,圖像分析,更高的放大倍率重新掃描,可完全實現自動化,以減少采集時間和無效的數據量,并顯著加快分析速度。斑馬魚的明場成像,通過PhenoLOGIC? 人工智能使圖像分割變得容易(圖1和圖2)。

通過機器自學習在微孔板中自動檢測斑馬魚

通過智能圖像識別提高檢測通量

通過自動水浸鏡頭獲取高分辨率共聚焦圖像

使用Harmony? 成像和分析軟件簡化與流程化圖像分析

圖1自動定位:使用Harmony中的PhenoLOGIC功能對斑馬魚自動定位。A-5X明場預掃描。B-PhenoLOGIC經過鼠標點擊培訓區分魚(綠點)和背景(紅點)C-PhenoLOGIC為基礎的魚類識別,使用形狀進一步優化,過濾去除較小的錯誤識別的地區。

 

 

圖2PreciScan預掃描定位下一步高倍鏡掃描的區域

20x1.0 NA水浸鏡頭)掃描預掃描的定位區域。Z軸共聚焦50層的最大投影。700張圖像的采集時間<2分鐘。自動檢測和采集意味著無人值守。

表型的自動量化

分析基因表達模式

圖3表達CFPGFPYFPmCherry標記蛋白的斑馬魚。樣品由維也納CCRI提供。

自動準確地確定形態特征

Harmony成像與分析軟件可以輕松檢測熒光強度,形態和紋理的變化。示例(圖4)顯示單個熒光染料可用于識別不同的身體部分。根據寬度識別頭部與脊柱。等效橢圓用于描述脊柱的形狀并估計其曲率。尾軸(圖5)以類似的方式,自動檢測尾部曲率。

 

 

4:單一熒光染料,計算確定斑馬魚頭部/尾部比例

5:尾軸的自動檢測。

 

3D圖像中,依舊看到細節

Harmony軟件提供了3D圖像的可視化樣品的工具, Opera PhenixOperetta CLS高內涵分析系統提供從1.25x63x的各種放大倍數,63x并配備自動水浸鏡頭,提高靈敏度,減少深層樣本成像中的光學畸變。

6:斑馬魚尾部血管3D重構

7:表達GFPRFP的個體紅細胞

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